Armata a avut un rol foarte important în procesul de realizare a unirii celor două principate, ea fiind o forţă unionistă. Mai întâi, domnul Alexandru Ioan Cuza provenea din rândurile sale. Reîntors în ţară, după studiile de la Paris, Cuza, ca mulţi alţi tineri de vârsta sa, s-a înrolat, la 15 septembrie 1837, în armată, cu gradul de cadet (aspirant de ofiţer). A rămas în cadrele ei până la 8 februarie 1840, când şi-a dat demisia, din motive pe care nu le cunoaştem.
Al. I. Cuza a participat la Revoluţia din 1848 din Moldova, după care a trăit câţiva ani în exil. Revenit în ţară a ocupat diverse funcţii şi s-a angajat într-o febrilă activitate unionistă. La 16 martie 1857 a fost reintegrat în oştire cu gradul de sublocotenent avansând rapid, până la gradul de maior. La 20 august 1858 a fost avansat colonel, în arma cavaleriei („colonel de lăncieri”) şi numit, la 12 septembrie 1858, ajutor al hatmanului „miliţiei pământene” din Moldova.
Căimăcămia de trei care a condus Moldova după intrarea în vigoare a Convenţiei de la Paris (1858) l-a însărcinat peAl..I.Cuza, la 23 octombrie 1858, cu „îndeplinirea tuturor îndatorilor” postului de hatman al oştirii. Practic, în momentul alegerii sale ca domn al Moldovei (5/17 ianuarie 1859), Cuza era comandantul întregii armate moldoveneşti. În timpul confruntărilor politice din Moldova (în special) şi din Muntenia care au precedat dubla alegere, corpul ofiţeresc, deşi redus numeric, s-a plasat pe poziţii unioniste. Acest fapt a avut o importanţă deosebită, întrucât forţele consevatoare, în frunte cu caimacamul de la Iaşi, Nicolae Vogorâde, nu a putut utiliza armata pentru a-şi atinge scopurile sale.
Mai mult, în perioada 22-24 ianuarie 1859, când Bucureştiul s-a aflat sub o adevărată revoluţie, partida naţională mobilizând masele pentru a-l impune pe A.I.Cuza domn şi la sud de Carpaţi, armata a adoptat aceeaşi atitudine favorabilă idealului unirii.
Fruntaşii unionişti, înainte de a avansa în Adunarea electivă munteană candidatura lui Cuza, l-au consulat pe generalul Barbu Vlădoianu, comandantul armatei. Răspunsul a fost prompt – oştirea îl susţinea pe colonelul Al.I.Cuza ca domn şi la sud de Carpaţi. Mulţi cercetători apreciază că o atare decizie a avut o importanţă aparte în realizarea dublei alegeri, Adunarea votând în unanimitate rezoluţia propusă de tabăra liberală.
Entuziasmul în Bucureşti, unde se strânseseră pe Dealul Mitropoliei, circa 30.000 de locuitori, un ziar din epocă dădea cifra de 50. 000 de persoane, dar şi în întreaga ţară, a fost imens. Această bucurie a fost împărtăşită şi de militarii de toate gradele. Maiorul Buzdugan din Roman, de exemplu, felicitându-l pe Cuza, arăta că el a fost ales pentru „patriotismul, curajul, spiritul de dreptate şi de nepărtinire”.
În timpul celor şapte ani de domnie, Al.I Cuza a făcut mult pentru armată, pe care a unificat-o şi a înzestrat-o în limita posibilităţilor vremii. El are meritul de fi transformat vechea „miliţie” într-o armată naţională. De asemenea, a introdus modelul occidental, respectiv francez, în organizarea militară a noului stat. În timpul domniei sale a funcţionat o misiune militară franceză, condusă de fraţii Lamy, iar cursul imprimat a fost hotărâtor pentru fizionomia armatei române. Acest model occidental, cu variantele sale, francez (îndeosebi), dar şi cel german, a funcţionat până la sfârşitul celui de-al Doilea Război Mondial.
În cadrul măsurilor de unificare a celor două armate într-un singur organism militar, se remarcă schimbul de regimente dintre Iaşi şi Bucureşti. Regimentul de muschetari, comandat de colonelul I.Duca, a fost deplasat în Muntenia, iar Regimentul 3 linie (comandant-colonelul Culoglu) a venit la Iaşi. Un mare rol în procesul de unificare l-a avut tabăra de la Floreşti (Prahova), unde au fost dislocate unităţi din Moldova şi Muntenia.
Pentru a înlesni omogenizarea unităţilor militare din cele două ţări, o comisie mixtă a discutat şi noile uniforme, fiind preluate în cea mai mare parte modelul francez în locul celui rusesc, predominant până atunci. Pe aceeaşi linie, la 14/26 iulie 1860, generalul Ioan Emanoil Florescu a fost numit ministru de război în cabinetul de la Iaşi, el având deja aceiaşi funcţie în guvernul de la Bucureşti. În iulie 1861, cele două şcoli militare, de la Iaşi şi Bucureşti, s-au contopit formând o singură instituţie de învăţământ cu sediul la Bucureşti. Ca un corolar al măsurilor de unificare, la 1/13 septembrie 1862, li s-au distribuit unităţilor armatei steaguri noi, tricolore (roşu, galben şi albastru) cu deviza Honor et patria.
Cvasitotalitatea instituţiilor militare centrale s-au concentrat la Bucureşti, devenit, după 24 ianuarie 1862, capitala statului român, dar Iaşiul a continuat să aibă un rol destul de important. În anul 1863, teritoriul ţării a fost împărţit în trei comandamente teritoriale- unul cu sediul la Bucureşti, pentru trupele situate în Muntenia, altul la Craiova pentru forţele dizlocate în Oltenia, iar cel de-al treilea la Iaşi pentru unităţile din toată Moldova. Fiecare dintre cele trei comandamente subordonau trupele din toate armele, comandanţii de garnizoane, ofiţerii fără trupă precum şi cei în neactivitate.
Se poate spune că făurirea statului român modern, în 1859, a fost posibilă datorită unui complex de factori dintre care reţinem situaţia internaţională favorabilă; activitatea laborioasă, inteligentă a unei suite de lideri provenită din rândurile paşoptiştilor pentru materializarea unui proiect naţional, cel al unirii, al formării statului; patriotismul locuitorilor de la est şi sud de Carpaţi şi nu în ultimul rând atitudinea armatei, care a înţeles şi a sprijinit doleanţele naţionale. De altfel, principalul mesaj transmis de generaţia “Unirii celei Mici”, după expresia atât de plastică a lui B. P. Haşdeu, nouă celor de astăzi, constă tocmai în solidaritatea tuturor românilor în jurul unui proiect de anvergură naţională.